作业提交
作业提交是用户提交作业的入口。用户可以在作业提交界面选择作业的算例工作目录、输入作业名称、设置作业参数等,并提交作业。
提交作业
- 作业名称:输入作业的名称。
- 算例工作目录:选择作业的算例工作目录。
- 节点数:设置作业的节点数。
- 核心数:设置作业的核心数。
- 环境变量:设置作业的环境变量。一行一个变量,格式为
KEY=VALUE
。点击 添加 按钮,添加环境变量。点击 删除🗑 按钮,删除环境变量。 - 执行命令:设置作业的执行命令。
历史记录
点击 历史记录 按钮,查看作业的历史记录。记录了命令的提交时间,同时您也可以选择操作栏中的收藏按钮将命令添加到常用命令中。
常用命令
点击 常用命令 按钮,查看作业的常用命令。点击 应用 按钮,将环境变量,执行命令等配置应用到当前作业中。
具体提交方式详解
超算提供了集成方式来进行作业的提交,如下是提交方式以及相关建议指令
面板解释
执行命令
即是脚本里除开#SBATCH部分之外的余下所有命令
适用于计算本身会产生相关out日志以及计算过程的一些计算。
ABAQUS
#!/bin/bash
# Description: 提交 abaqus 作业示例
# Date: 2025-04-10
# ⚠️注意:#SBATCH 等参数无效
export PATH=/home/software/abaqus/2022/Commands/:$PATH
source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh
ulimit -l unlimited
nameflag=`scontrol show hostname $SLURM_JOB_NODELIST`
beginflag="mp_host_list=["
endflag="]"
for line in $nameflag
do
tempflag="['$line',96],"
beginflag=$beginflag$tempflag
/usr/bin/ssh -o StrictHostKeyChecking=no -tt $line &
done
eflag=`echo $beginflag | sed 's/.\{0\}.$//'`
endflag=$eflag$endflag
echo $endflag > abaqus_v6.env
#修改xxx为自己算例文件名即可
#单精度
abq2022 analysis job=Job-1 input=xxx.inp cpus=$SLURM_NPROCS mp_mode=mpi interactive 2>&1 | tee abaqus_analysis.log
#双精度
#abq2022 analysis job=Job-1 input=xxx.inp cpus=$SLURM_NPROCS mp_mode=mpi double=both interactive 2>&1 | tee abaqus_analysis.log
ANSYS
#!/bin/bash
# Description: 提交 ansys 作业示例
# Date: 2025-04-10
# ⚠️注意:#SBATCH 等参数无效
source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh
source /home/software/ansys/2022R1/setenv.sh
fluent 3ddp -g -mpi=intel -slurm -t $SLURM_NTASKS -i run.jou
注意事项
计算的文件需要与相关.jou文件在同一级目录内才可以
例如:
COMSOL
#!/bin/bash
# Description: 提交 comsol 作业示例
# Date: 2025-04-10
# ⚠️注意:#SBATCH 等参数无效
# 加载 COMSOL 模块
export PATH=/home/software/comsol/5.6/comsol56/multiphysics/bin:$PATH
ulimit -l unlimited
# 设置计算文件路径
input_file="xxx.mph"
# 启动 COMSOL 作业
comsol batch -inputfile $input_file -outputfile output_results.mph -np $SLURM_NTASKS
CP2K
#!/bin/bash
# Description: 提交 cp2k 作业示例
# Date: 2025-04-10
# ⚠️注意:#SBATCH 等参数无效
#环境加载
export PATH=/home/software/cp2k/2024.3/exe/local:$PATH
source /home/software/cp2k/2024.3/tools/toolchain/install/setup
export PATH=/home/software/openmpi/4.1.6/bin:$PATH
export CP2K_DATA_DIR=/home/software/cp2k/2024.3/data
export OMP_NUM_THREADS=1
## cp2k.psmp 为cp2k可执行文件名,无需更改
ulimit -l unlimited
## XXX参数为算例名称,只需修改此部分为自己的算例名称即可
mpirun -np 16 cp2k.psmp anneal.inp|tee melt.out
GAUSSIAN
#!/bin/bash
# Description: 提交 gaussian 作业示例
# Date: 2025-04-10
# ⚠️注意:#SBATCH 等参数无效
#环境加载
export g16root=/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581/g16
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
name=$1
g16 < $name > ${name%.gjf*}".log"
Python
#!/bin/bash
# Description: 提交 python 作业示例
# Date: 2025-04-10
# ⚠️注意:#SBATCH 等参数无效
#环境加载
source ~/.bashrc
conda activate $USER
#此处输入计算指令
python xxx.py >> out
Lammps
#!/bin/bash
# Description: 提交 lammps 作业示例
# Date: 2025-04-10
# ⚠️注意:#SBATCH 等参数无效
#环境加载
source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh
source /data/software/spack/share/spack/setup-env.sh
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/software/lammps/29.8.2024/lib64
export PATH=/home/software/lammps/29.8.2024/bin:$PATH
mpirun -np 16 lmp -in run.in
计算过程的文件查看log.lammps
Gromacs
#!/bin/bash
# Description: 提交 Groamcs 作业示例
# Date: 2025-04-10
# ⚠️注意:#SBATCH 等参数无效
#环境加载
source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh
unset I_MPI_PMI_LIBRARY # 取消默认mpi库,使用intel自带
export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0
export PATH=/home/software/gromacs/2024.5/bin:$PATH
mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun -s topol.tpr
注:如果指令里有mpi run -np 则后面的数字核心数要与面板上的一致。
VASP
#!/bin/bash
# Description: 提交 Vasp 作业示例
# Date: 2025-04-10
# ⚠️注意:#SBATCH 等参数无效
#环境加载
ulimit -c unlimited
ulimit -l unlimited
ulimit -s unlimited
export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1
source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh
export PATH=/home/software/vasp/6.4.3/bin:$PATH
mpirun vasp_std
提交方式
以fluent计算为例