Amber

软件介绍：AMBER（Assisted Model Building with Energy Refinement） 是一个经典的分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟软件套件，用于模拟和分析生物大分子系统，比如蛋白质、核酸、脂质和小分子药物。

本质上，AMBER 不是单个程序，而是一个 软件套装，包括力场、工具和计算引擎。

安装

cd amber22_src/build
# optional: edit the run_cmake script to make any needed changes;
# most users should not need to do this
./run_cmake
# Next, build and install the code:
make install

脚本示例

pmemd

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1               ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J pmemd

source /opt/ohpc/pub/software/amber/pmemd24/amber.sh

# ======== 用户可配置参数 ========
INPUT="md.in"              # 输入文件
OUTPUT="md.out"            # 标准输出
TOPOLOGY="top.prmtop"      # 拓扑文件
COORD="start.rst"          # 初始结构
RESTRT="md.rst"            # 输出 restart
TRAJ="md.nc"               # 输出轨迹

# 使用的程序：pmemd.MPI 或 sander.MPI
EXEC="pmemd.MPI"           # 可选：sander.MPI 或 pmemd.MPI

echo "Running AMBER job with $EXEC"
mpirun -np $SLURM_NTASKS $EXEC \
   -O -i $INPUT -o $OUTPUT -p $TOPOLOGY -c $COORD -r $RESTRT -x $TRAJ

echo "Done."

sander

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1               ##指定节点数
#SBATCH -n 16
#SBATCH -o out.log
#SBATCH -e error.log
#SBATCH -J sander

source ~/.bashrc
conda activate AmberTools25
source $CONDA_PREFIX/amber.sh

mpirun -np 16 sander.MPI -i mdin -o mdout -p prmtop -c inpcrd -r restrt