Gromacs

软件介绍：GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是一个高性能的分子动力学（MD）模拟软件包，主要用于模拟生物大分子（如蛋白质、脂质和核酸）以及一般的分子动力学计算。

脚本示例

8581

#!/bin/bash
#SBATCH -J gromacs
#SBATCH -p INTEL_8581     		  ##8581C分区正式队列
#SBATCH --nodes=1              		  ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log

source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh
source /data/software/spack/share/spack/setup-env.sh
spack load cmake@3.30.5 /ppg5cwv
spack load gcc@11.5
spack load fftw@3.3.10

export PATH=/home/software/gromacs/2024.5/bin:$PATH

mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun -s xxx.tpr

9654

#!/bin/bash
#SBATCH -J gromacs
#SBATCH -p AMD_9654    	##9654分区正式队列
#SBATCH --nodes=1               ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e err_%j.log

source /opt/AMD/aocc-compiler-4.2.0/setenv_AOCC.sh
source /opt/AMD/aocl/aocl-linux-aocc-4.2.0/aocc/amd-libs.cfg

export PATH=/home/software/openmpi/4.1.6-aocc/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/software/openmpi/4.1.6-aocc/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/home/software/gromacs/2024.1/bin:$PATH
ulimit -l unlimited


mpirun gmx_mpi mdrun -v -deffnm em

8576

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1               ##指定节点数
#SBATCH -n 64
#SBATCH -o out.log
#SBATCH -e error.log
#SBATCH -J gromacs

ulimit -c unlimited
ulimit -l unlimited
ulimit -s unlimited

module swap gnu14 intel/2024.0.0
module swap openmpi5 impi/2021.11
export I_MPI_FABRICS=ofi
export PATH=/opt/ohpc/pub/software/gromacs/2024.4/bin:$PATH
mpirun -np 64 gmx_mpi mdrun -s topol.tpr

计算方式

s_gromacs

文件管理进入脚本与提交算例所在文件夹，修改提交脚本里的最后一行，将xxx.tpr改为自己算例的tpr文件即可。

之后点击终端进入到相关文件夹，sbatch gromacs.slurm

最后，程序运行完成后， 1、命令行输入cat out.log，可直接在超算集群上查看输出信息 2、也可以使用页面左上角的文件传输功能，将输出文件下载到本地电脑

另外：如果想杀掉正在运行的作业 1、squeue命令查看作业号 2、scancel 作业号：杀掉作业

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