COMSOL
软件介绍:COMSOL Multiphysics 是一款强大的多物理场仿真软件,广泛应用于科学研究、工程设计和分析。它支持多个领域的模拟,包括但不限于结构力学、电磁学、流体动力学、热传导、化学反应等。COMSOL 提供了一个高度集成的环境,用户可以通过其图形界面进行模型构建、仿真和结果分析,也支持与其他软件的接口如 MATLAB 等。
提交脚本
单节点计算
8581
#!/bin/bash
#SBATCH -p INTEL_8581 ##8581C分区正式队列
#SBATCH -J comsol
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out
#SBATCH -e error
# 加载 COMSOL 模块
export PATH=/data/software/comsol/6.2/Multiphysics/bin:$PATH
ulimit -l unlimited
# 设置计算文件路径
input_file="test.mph"
# 启动 COMSOL 作业
comsol batch -inputfile $input_file -outputfile ${input_file}_results.mph -np $SLURM_NTASKS9654
#!/bin/bash
#SBATCH -p AMD_9654 ##9654分区正式队列
#SBATCH -J comsol
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out.log
#SBATCH -e error.log
# 加载 COMSOL 模块
export PATH=/home/software/comsol/6.2/Multiphysics/bin:$PATH
ulimit -l unlimited
# 设置计算文件路径
input_file="xxx.mph"
# 启动 COMSOL 作业
comsol batch -inputfile $input_file -outputfile output_results.mph -np $SLURM_NTASKS8576
#!/bin/bash
#SBATCH -J comsol
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out
#SBATCH -e error
加载 COMSOL 模块
export PATH=/opt/ohpc/pub/software/comsol/6.2/comsol62/multiphysics/bin:$PATH
ulimit -l unlimited
# 设置计算文件路径
input_file="test.mph"
# 启动 COMSOL 作业
comsol batch -inputfile $input_file -outputfile output_results.mph -np $SLURM_NTASKS跨节点调用多节点内存脚本示例
#!/bin/bash
#SBATCH -J comsol
#SBATCH -p INTEL_8576
#SBATCH --ntasks-per-node=112 ##指定核心数
#SBATCH --nodes=4
#SBATCH -o out
#SBATCH -e error
#SBATCH --exclusive
##SBTACH --mem=2800G ##所有节点总内存
#加载 COMSOL 模块
module swap gnu14 intel/2022.1.0
module swap openmpi5 impi/2021.11
export PATH=/opt/ohpc/pub/software/comsol/6.3/comsol63/multiphysics/bin:$PATH
ulimit -l unlimited
# 设置计算文件路径
input_file="xxx.mph"
# 启动 COMSOL 作业
mpirun -np 448 comsol batch -inputfile $input_file -outputfile output_results.mph提交方式
准备:上传自己的计算数据,并将相关脚本复制到跟计算文件同级的文件夹里

最后,程序运行完成后, 1、在“文件管理”中,双击打开out,可直接在超算集群上查看输出信息 2、也可以在“文件管理”中,将输出文件下载到本地电脑进行查看
另外:如果想杀掉正在运行的作业 1、squeue命令查看作业号 2、scancel 作业号:杀掉作业
常见问题与解答
1、我本地电脑是windows的,在linux集群上能计算吗?
答:可以进行计算的,只需要导出本地需要计算的xxx.mph文件,并上传到集群即可;
2、我现在计算完成了,我的结果文件在哪儿看?
答:脚本里计算指明了输出文件 -outputfile output_results.mph 所以,output_results.mph这个就是计算结果文件,计算完成之后将结果文件下载到本地,再用本地的comsol打开即可查看结果;
3、我想看一下comsol计算过程中的一些日志文件;
答:slurm指明了计算过程中会生成过程输出日志:out文件与报错日志:error,可以查阅这两个文件,来进行计算过程监控。
COMSOL清理隐藏文件
comsol在计算过程中会生成许多用户不可见的文件夹以及文件,时间一长文件积累的过多,会造成空间不足与io阻塞的问题,于是这边出了这个教程,方便用户在不影响计算的情况下来清除这部分文件。
以下操作建议均在没有comsol作业在运行的情况下进行。
先进入文件管理,勾选右上角的显示隐藏文件夹

找到.comsol文件夹,在linux系统里,(.)点开头的文件均为隐藏文件,点击进入

此时会显示文件夹,有些是四个,有些三个两个,但是这些都是comsol运行过程中产生的,如:v56就是comsol5.6计算过程生成的文件
一般情况下是删除如V63文件夹里的recoveries文件夹里的数据

勾选之后删除即可。但是注意,comsol的运行过程中不要清除这些文件。