COMSOL
软件介绍:COMSOL Multiphysics 是一款强大的多物理场仿真软件,广泛应用于科学研究、工程设计和分析。它支持多个领域的模拟,包括但不限于结构力学、电磁学、流体动力学、热传导、化学反应等。COMSOL 提供了一个高度集成的环境,用户可以通过其图形界面进行模型构建、仿真和结果分析,也支持与其他软件的接口如 MATLAB 等。
提交脚本
单节点计算
8581
bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p INTEL_8581 ##8581C分区正式队列
#SBATCH -J comsol
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out
#SBATCH -e error
# 加载 COMSOL 模块
export PATH=/data/software/comsol/6.2/Multiphysics/bin:$PATH
ulimit -l unlimited
# 设置计算文件路径
input_file="test.mph"
# 启动 COMSOL 作业
comsol batch -inputfile $input_file -outputfile ${input_file}_results.mph -np $SLURM_NTASKS
9654
#!/bin/bash
#SBATCH -p AMD_9654 ##9654分区正式队列
#SBATCH -J comsol
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out.log
#SBATCH -e error.log
# 加载 COMSOL 模块
export PATH=/home/software/comsol/6.2/Multiphysics/bin:$PATH
ulimit -l unlimited
# 设置计算文件路径
input_file="xxx.mph"
# 启动 COMSOL 作业
comsol batch -inputfile $input_file -outputfile output_results.mph -np $SLURM_NTASKS
8576
#!/bin/bash
#SBATCH -J comsol
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out
#SBATCH -e error
加载 COMSOL 模块
export PATH=/opt/ohpc/pub/software/comsol/6.2/comsol62/multiphysics/bin:$PATH
ulimit -l unlimited
# 设置计算文件路径
input_file="test.mph"
# 启动 COMSOL 作业
comsol batch -inputfile $input_file -outputfile output_results.mph -np $SLURM_NTASKS
跨节点调用多节点内存脚本示例
#!/bin/bash
#SBATCH -J comsol
#SBATCH -p INTEL_8576
#SBATCH --ntasks-per-node=112 ##指定核心数
#SBATCH --nodes=4
#SBATCH -o out
#SBATCH -e error
#SBATCH --exclusive
##SBTACH --mem=2800G ##所有节点总内存
#加载 COMSOL 模块
module swap gnu14 intel/2022.1.0
module swap openmpi5 impi/2021.11
export PATH=/opt/ohpc/pub/software/comsol/6.3/comsol63/multiphysics/bin:$PATH
ulimit -l unlimited
# 设置计算文件路径
input_file="xxx.mph"
# 启动 COMSOL 作业
mpirun -np 448 comsol batch -inputfile $input_file -outputfile output_results.mph
提交方式
准备:上传自己的计算数据,并将相关脚本复制到跟计算文件同级的文件夹里
最后,程序运行完成后, 1、在“文件管理”中,双击打开out,可直接在超算集群上查看输出信息 2、也可以在“文件管理”中,将输出文件下载到本地电脑进行查看
另外:如果想杀掉正在运行的作业 1、squeue命令查看作业号 2、scancel 作业号:杀掉作业
常见问题与解答
1、我本地电脑是windows的,在linux集群上能计算吗?
答:可以进行计算的,只需要导出本地需要计算的xxx.mph文件,并上传到集群即可;
2、我现在计算完成了,我的结果文件在哪儿看?
答:脚本里计算指明了输出文件 -outputfile output_results.mph 所以,output_results.mph这个就是计算结果文件,计算完成之后将结果文件下载到本地,再用本地的comsol打开即可查看结果;
3、我想看一下comsol计算过程中的一些日志文件;
答:slurm指明了计算过程中会生成过程输出日志:out文件与报错日志:error,可以查阅这两个文件,来进行计算过程监控。