LAMMPS

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个高效的分子动力学（MD）模拟软件，主要用于研究固体、液体、软物质、生物分子和纳米材料等体系。LAMMPS 由美国桑迪亚国家实验室开发，具有高度可扩展性和灵活性，尤其适合大规模并行计算。

脚本示例：

8581

#!/bin/bash

#SBATCH -p INTEL_8581     ##8581C分区正式队列
#SBATCH -J lammps
#SBATCH --nodes=1               ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log

source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh
source /data/software/spack/share/spack/setup-env.sh
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/software/lammps/29.8.2024/lib64
export PATH=/home/software/lammps/29.8.2024/bin:$PATH

mpirun -np 16 lmp -in xxx.in

9654

#!/bin/bash
#SBATCH -J lammps
#SBATCH -p AMD_9654    	##9654分区正式队列
#SBATCH --nodes=1               ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=64          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
export OMPI_MCA_btl_openib_allow_ib=1
ulimit -l unlimited

source /opt/phadcloud/lustre/software/aocc/4.2.0/setenv_AOCC.sh
source /opt/phadcloud/lustre/software/aocl/4.2.0//4.2.0/aocc/amd-libs.cfg

export PATH=/opt/phadcloud/lustre/software/lammps/openmpi/4.1.6/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/phadcloud/lustre/software/lammps/openmpi/4.1.6/lib:$LD_LIBRARY_PATH # 共享库路径

export PATH=/opt/phadcloud/lustre/software/lammps/lammps-29Aug2024-omp/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/phadcloud/lustre/software/lammps/lammps-29Aug2024-omp/lib:$LD_LIBRARY_PATH # 共享库路径


mpirun -np 64 lmp -in XXX.in

8576

#!/bin/bash

#SBATCH -J lammps
#SBATCH --nodes=1               ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log

module swap gnu14 intel/2022.1.0
module swap openmpi5 impi/2021.11
export LAMMPS_HOME=/opt/ohpc/pub/software/lammps/lammps-29Aug2024-omp
export PATH=$LAMMPS_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LAMMPS_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

mpirun -np 16 lmp  -in in.sic

计算方式

s_lammps

上传自己数据后，将脚本里的最后一行的xxx.in修改为自己的in文件，（需要注意，如果自己的文件是in.xxx也需要修改成xxx.in）xxx为自己的文件名，然后进入到终端，正常进行sbatch lammps.slurm即可

最后，程序运行完成后， 1、命令行输入cat out.log，可直接在超算集群上查看输出信息 2、也可以使用页面左上角的文件传输功能，将输出文件下载到本地电脑

另外：如果想杀掉正在运行的作业 1、squeue命令查看作业号 2、scancel 作业号：杀掉作业

常见问题与解答

1、我的lammps计算刚提交上去，怎么查看计算过程？

答：log.lammps是lammps专属的计算过程日志，可以在这里进行过程查看，相应的，如果计算出现错误，优先排查的文件也是此文件。

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脚本示例： ​

8581 ​

9654 ​

8576 ​

计算方式 ​