LAMMPS

LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一个高效的分子动力学（MD）模拟软件，主要用于研究固体、液体、软物质、生物分子和纳米材料等体系。LAMMPS 由美国桑迪亚国家实验室开发，具有高度可扩展性和灵活性，尤其适合大规模并行计算。

脚本示例：

#!/bin/bash

#SBATCH -p TEST_INTEL_8581     ##8581C分区测试队列
#SBATCH -J lammps
#SBATCH --nodes=1               ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log

source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh
source /data/software/spack/share/spack/setup-env.sh
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/software/lammps/29.8.2024/lib64
export PATH=/home/software/lammps/29.8.2024/bin:$PATH

mpirun -np 16 lmp -in xxx.in

计算方式

上传自己数据后，将脚本里的最后一行的xxx.in修改为自己的in文件，（需要注意，如果自己的文件是in.xxx也需要修改成xxx.in）xxx为自己的文件名，然后进入到终端，正常进行sbatch lammps.slurm即可

最后，程序运行完成后， 1、命令行输入cat out.log，可直接在超算集群上查看输出信息 2、也可以使用页面左上角的文件传输功能，将输出文件下载到本地电脑

另外：如果想杀掉正在运行的作业 1、squeue命令查看作业号 2、scancel 作业号：杀掉作业