CP2K
软件介绍:CP2K 是一个开源的量子化学和固体物理计算软件包,专门用于模拟固态、液态、分子和生物系统。它主要采用从头算(ab initio)方法和经典分子动力学相结合的混合方法,广泛应用于材料科学、化学、物理和生物分子动力学研究。
使用脚本
bash
#!/bin/sh
#SBATCH -J CP2K
#SBATCH -p TEST_INTEL_8581 ##8581C分区测试队列
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#环境加载
source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh
export PATH=/data/software/cp2k/2025.1/exe/local:$PATH
source /data/software/cp2k/2025.1/tools/toolchain/install/setup
export CP2K_DATA_DIR=/data/software/cp2k/2025.1/data
export OMP_NUM_THREADS=1
## cp2k.psmp 为cp2k可执行文件名,无需更改
ulimit -l unlimited
## XXX参数为算例名称,只需修改此部分为自己的算例名称即可
mpirun -np 16 cp2k.psmp xxx.inp | tee result.out
提交方式
准备:上传自己的计算数据,并将相关脚本复制到跟计算文件同级的文件夹里
linux脚本提交使用方法
1、进文件管理,双击打开cp2k的脚本,找到执行命令这一行,将其中的xxx.inp改为自己的计算算例;
2、正常在终端中进行脚本提交:sbatch cp2k.slurm.
最后,程序运行完成后, 1、在“文件管理”中,双击打开out.作业号.log,可直接在超算集群上查看输出信息 2、也可以在“文件管理”中,将输出文件下载到本地电脑进行查看
另外:如果想杀掉正在运行的作业 1、squeue命令查看作业号 2、scancel 作业号:杀掉作业