Gaussian
软件介绍:Gaussian 是一个广泛使用的量子化学计算软件,主要用于计算分子的电子结构和反应性质。
Gaussian 09 是一个强大的计算化学软件包,用于计算量子化学性质、分子结构、反应动力学等。它由 Gaussian, Inc. 公司开发,被广泛用于科研领域,尤其是计算化学和理论化学的研究中。Gaussian 09 提供了一系列先进的量子化学计算方法,包括从密度泛函理论(DFT)到各种级别的分子轨道理论。详细介绍见官网链接: https://www.gaussian.com。
安装
平台只提供运行环境,不提供安装。如需安装,请参考官网教程。
脚本示例
gaussian09
bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p TEST_INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g09root=/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581/g09
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
name=$1
g09 < $name > ${name%.gjf*}".log"
提交方法
上传自己的.gjf文件之后,修改脚本里的核心数为自己的.gjf文件里的核心数,再进入到终端相应的文件夹下,
sbatch g16.slurm xxx.gjf
chk文件转化
测试用户:
在终端执行:
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581/g09
之后再正常执行转化命令即可。
正式用户:
在终端中执行:
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g09
之后再正常执行转化命令即可。
客户转正操作:
客户转为正式用户后,原先的测试文件夹内的文件已不适用正式用户,需要先将脚本里的测试分区改为正式分区,
再将脚本里临时变量路径的文件夹由TEST_INTEL_8581改为INTEL_8581。
正式脚本示例:
bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g09root=/home/software/gaussian/INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g09
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
name=$1
g09 < $name > ${name%.gjf*}".log"
gaussian16
bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p TEST_INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g16root=/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581/g16
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g16/bsd/g16.profile
name=$1
g16 < $name > ${name%.gjf*}".log"
提交方法
上传自己的.gjf文件之后,修改脚本里的核心数为自己的.gjf文件里的核心数,再进入到终端相应的文件夹下,
sbatch g16.slurm xxx.gjf
chk文件转化
测试用户:
在终端执行:
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581/g16
之后再正常执行转化命令即可。
正式用户:
在终端中执行:
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g16
之后再正常执行转化命令即可。
客户转正操作:
客户转为正式用户后,原先的测试文件夹内的文件已不适用正式用户,需要先将脚本里的测试分区改为正式分区,
再将脚本里临时变量路径的文件夹由TEST_INTEL_8581改为INTEL_8581。
正式脚本示例:
bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g16root=/home/software/gaussian/INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g16
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
name=$1
g16 < $name > ${name%.gjf*}".log"