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Gaussian

软件介绍:Gaussian 是一个广泛使用的量子化学计算软件,主要用于计算分子的电子结构和反应性质。

Gaussian 09 是一个强大的计算化学软件包,用于计算量子化学性质、分子结构、反应动力学等。它由 Gaussian, Inc. 公司开发,被广泛用于科研领域,尤其是计算化学和理论化学的研究中。Gaussian 09 提供了一系列先进的量子化学计算方法,包括从密度泛函理论(DFT)到各种级别的分子轨道理论。详细介绍见官网链接: https://www.gaussian.com

安装

平台只提供运行环境,不提供安装。如需安装,请参考官网教程。

脚本示例

gaussian09

bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p TEST_INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1                     ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian

export g09root=/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581/g09
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

name=$1
g09  < $name > ${name%.gjf*}".log"

提交方法

上传自己的.gjf文件之后,修改脚本里的核心数为自己的.gjf文件里的核心数,再进入到终端相应的文件夹下,

sbatch g16.slurm xxx.gjf

s_gaussian

chk文件转化

测试用户:

在终端执行:

export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581/g09

之后再正常执行转化命令即可。

正式用户:

在终端中执行:

export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g09

之后再正常执行转化命令即可。

客户转正操作:

客户转为正式用户后,原先的测试文件夹内的文件已不适用正式用户,需要先将脚本里的测试分区改为正式分区,

再将脚本里临时变量路径的文件夹由TEST_INTEL_8581改为INTEL_8581。

正式脚本示例:

bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1                     ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian

export g09root=/home/software/gaussian/INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g09
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g09/bsd/g09.profile

name=$1
g09  < $name > ${name%.gjf*}".log"

gaussian16

bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p TEST_INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1                     ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian

export g16root=/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581/g16
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g16/bsd/g16.profile

name=$1
g16  < $name > ${name%.gjf*}".log"

提交方法

上传自己的.gjf文件之后,修改脚本里的核心数为自己的.gjf文件里的核心数,再进入到终端相应的文件夹下,

sbatch g16.slurm xxx.gjf

chk文件转化

测试用户:

在终端执行:

export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/TEST_INTEL_8581/g16

之后再正常执行转化命令即可。

正式用户:

在终端中执行:

export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g16

之后再正常执行转化命令即可。

客户转正操作:

客户转为正式用户后,原先的测试文件夹内的文件已不适用正式用户,需要先将脚本里的测试分区改为正式分区,

再将脚本里临时变量路径的文件夹由TEST_INTEL_8581改为INTEL_8581。

正式脚本示例:

bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1                     ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16          ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian

export g16root=/home/software/gaussian/INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g16
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g16root/g16/bsd/g16.profile

name=$1
g16  < $name > ${name%.gjf*}".log"

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