Gaussian
软件介绍：Gaussian 是一个广泛使用的量子化学计算软件，主要用于计算分子的电子结构和反应性质。
Gaussian 09 是一个强大的计算化学软件包，用于计算量子化学性质、分子结构、反应动力学等。它由 Gaussian, Inc. 公司开发，被广泛用于科研领域，尤其是计算化学和理论化学的研究中。Gaussian 09 提供了一系列先进的量子化学计算方法，包括从密度泛函理论（DFT）到各种级别的分子轨道理论。详细介绍见官网链接： https://www.gaussian.com。
安装
平台只提供运行环境，不提供安装。如需安装，请参考官网教程。
脚本示例
gaussian09
8581
bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g09root=/home/software/gaussian/INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g09
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
name=$1
g09 < $name > ${name%.gjf*}".log"9654
#!/bin/bash
#SBATCH -p AMD_9654 ##9654分区正式队列
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=64 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g09root=/home/software/gaussian/zhengshizu
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/zhengshizu/g09
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
ulimit -s unlimited
name=$1
g09 < $name > ${name%.gjf*}".log"8576
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g09root=/opt/ohpc/pub/software/gaussian
export PATH=$PATH:/opt/ohpc/pub/software/gaussian/g09
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
name=$1
g09 < $name > ${name%.gjf*}".log"提交方法
上传自己的.gjf文件之后，修改脚本里的核心数为自己的.gjf文件里的核心数，再进入到终端相应的文件夹下，
sbatch g16.slurm xxx.gjf
chk文件转化
在终端中执行：
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g09之后再正常执行转化命令即可。
脚本示例：
bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g09root=/home/software/gaussian/INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g09
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g09/bsd/g09.profile
name=$1
g09 < $name > ${name%.gjf*}".log"gaussian16
8581
bash
#!/bin/bash
#SBATCH -p INTEL_8581
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g16root=/home/software/gaussian/INTEL_8581
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g16
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g09root/g16/bsd/g16.profile
name=$1
g16 < $name > ${name%.gjf*}".log"9654
#!/bin/bash
#SBATCH -p AMD_9654 ##9654分区正式队列
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g16root=/home/software/gaussian/zhengshizu
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/zhengshizu/g16
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
name=$1
g16 -p=16 -m="64GB" < $name > ${name%.gjf*}".log"8576
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1 ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=32 ##指定核心数
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
#SBATCH -J Gaussian
export g16root=/opt/ohpc/pub/software/gaussian
export PATH=$PATH:/opt/ohpc/pub/software/gaussian/g16
export GAUSS_SCRDIR=$PWD
. $g16root/g16/bsd/g16.profile
name=$1
g16 -p=32 -m="64GB" < $name > ${name%.gjf*}".log"提交方法
上传自己的.gjf文件之后，修改脚本里的核心数为自己的.gjf文件里的核心数，再进入到终端相应的文件夹下，
sbatch g16.slurm xxx.gjf
chk文件转化
8581
在终端中执行：
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/INTEL_8581/g169654
在终端中执行：
export PATH=$PATH:/home/software/gaussian/zhengshizu/g168576
在终端中执行：
export PATH=$PATH:/opt/ohpc/pub/software/gaussian/g16之后再正常执行转化命令即可。
常见问题与解答
1、我的gjf文件核心数与内存怎么设置？
在使用gaussian16时，需要保证gjf文件里的-p（核心数）-m（使用内存数）要跟计算脚本里的一致
2、我在计算过程中会出现chk文件路径错误，怎么回事？
如果gjf文件里指明了chk文件的输出路径，也需要进行修改，
修改参考第一个问题的图片
%chk=xxx.chk
3、怎么查看gaussian的计算过程文件？
gaussian的指定计算过程日志是gjf文件名.log,比方说，你的gjf文件叫H2O.gjf那么你的日志文件就是H2O.log,报错日志正常看slurm提供的。
再结合输出日志与报错日志来进行排查错误。