Material Studio

编辑时间：2025-03-21 11:42

编辑人：Dawn

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软件介绍：Material Studio 是一款由 BIOVIA（达索系统）公司开发的材料科学模拟软件，用于进行材料的分子模拟、结构优化、物性计算以及分子动力学等多方面的研究。它提供了丰富的工具集，支持多种计算方法和模拟模型，广泛应用于材料科学、化学工程、纳米技术以及药物研究等领域。

提交脚本

#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1               ##指定节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=36          ##指定核心数
#SBATCH --job-name=MS               # 作业名称
#SBATCH -o out_%j.log
#SBATCH -e error_%j.log
##SBATCH -p INTEL_8581           ##8581分区正式队列

#SBATCH -p AMD_9654         ##8581分区正式队列

unset I_MPI_PMI_LIBRARY                        # 取消默认mpi库，使用intel自带
export I_MPI_JOB_RESPECT_PROCESS_PLACEMENT=0   # intel 多节点作业所需修改参数 

export PATH=~/BIOVIA/MaterialsStudio23.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=~/BIOVIA/MaterialsStudio23.1/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MSI_LIC_PACK_DIR=~/BIOVIA/BIOVIA_LicensePack
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib
export PSPOT_DIR=~/BIOVIA/MaterialsStudio23.1/share/Resources/Quantum/Castep/Potentials
export DMOL3_DATA=~/BIOVIA/MaterialsStudio23.1/share/Resources/Quantum/DMol3
export Forcite_PATH=~/BIOVIA/MaterialsStudio23.1/etc/Scripting/bin:$PATH

source /etc/profile.d/modules.sh
module use /home/software/modulefiles
module load openmpi/5.0.0

#source /home/software/intel/oneapi/2022.1/setvars.sh

##############################################
#               Run job                      #
##############################################

echo "--------------------------------------------------------"
echo "  JOBID: $SLURM_JOB_ID"
echo "  The job was started at `date`"
echo "  The job was running at $SLURM_JOB_NODELIST."

#选择使用的模块

APP=RunMatScript.sh
#APP=foricite.exe

# xxx 为算例名称，修改为.cell文件的前缀名即可；如test.cell修改为test即可。
mpirun -np $SLURM_NTASKS $APP (1-10)KClEint


rm *.pid
echo "  The job was finished at `date`"
echo "--------------------------------------------------------"

以castep模块为例:Edit_job_File_name 为算例名称，修改为.cell文件的前缀名即可；如test.cell修改为test即可。

算例导出

需要从Windows本地的MS软件中生成相关算例文件。
1、在MS界面下搭建相关模型，并在calculation对话框中进行相关设置。
2、完成设置后，请按下calculation对话框下方的file按钮，选择save files。
3、使用Windows文件管理器打开相应的文档（需打开Windows文件管理器后缀显示），在该目录下能看到带有以下后缀的文件：.cell、.param、.kptaux、.trjaux、.xsd、.xms。